Jason Bourne a longtemps été un homme sans patrie, sans passé ni mémoire. Un conditionnement physique et mental d'une extrême brutalité en avait fait une machine à tuer - l'exécuteur le plus implacable de l'histoire de la CIA. L'expérience tourna court et l'Agence décida de le sacrifier.
Laissé pour mort, Jason se réfugie en Italie et entreprend une lente et périlleuse remontée dans le temps à la recherche de son identité. Après l'assassinat de sa compagne, Marie, il retrouve l'instigateur du programme Treadstone qui a fait de lui un assassin et l'a condamné à l'errance. S'estimant vengé par la mort de ce dernier, il n'aspire plus qu'à disparaître et vivre en paix. Tout semble rentré dans l'ordre : Treadstone ne serait plus qu'une page noire ? une de plus - dans l'histoire de l'Agence...
Mais le Département de la Défense lance en grand secret un second programme encore plus sophistiqué : Blackbriar, visant à fabriquer une nouvelle génération de tueurs supérieurement entraînés. Jason est, pour le directeur des opérations spéciales, une menace et une tache à effacer au plus vite. Ordre est donné de le supprimer.
La traque recommence, de Moscou à Paris, de Madrid à Londres et Tanger. Talonné par les exécuteurs de Blackbriar, les agents fédéraux et les polices locales, Jason Bourne se lance dans une quête désespérée. Objectif : New York. Là où tout a commencé, là où tout devrait logiquement se conclure...